天寿涼羽は、上空のスペースコロニー衛星で平和な生活を送る女子高生。しかし難民の少女ニャーンとの出会いをきっかけに、非合法なMS決闘大会「レギオンウォー」に巻き込まれていく。彼女は「馬秋」というペンネームで大会に参加し、GQuuuuuuXを駆り、連日激しい戦いを繰り広げていた。時を同じくして、宇宙軍と警察の両方から追われる謎のMS「ガンダム」とそのパイロット、少年シュウジが彼らの前に現れる。そして、世界は新たな時代に入った。